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PagSeguro est né d’Universo Online, ou UOL, fondé à São Paulo en 1996 par l’entrepreneur médiatique Luiz Frias. Au milieu des années 2000, le commerce électronique brésilien était en plein essor, mais les petits vendeurs en ligne manquaient encore d’outils de paiement accessibles. Les systèmes de paiement bancaires servaient principalement les grands commerçants, tandis que les petites entreprises faisaient face à des procédures d’acquisition complexes.

Le 5 septembre 2006, UOL a lancé PagSeguro, un nom signifiant « paiement sûr ». La forte présence d’UOL sur Internet a aidé le service à gagner la confiance des utilisateurs brésiliens. En janvier 2007, UOL a acheté BrPay, une petite société de paiements électroniques, et a intégré ses actifs à PagSeguro en six mois. En novembre 2008, PagSeguro a reçu le prix Info Exame dans le domaine du commerce électronique et, en 2010, comptait plus de 12 millions d’utilisateurs inscrits.

En 2012, PagSeguro est devenue la première entreprise au Brésil à traiter des paiements via la technologie NFC, en partenariat avec Nokia. Cette année-là, elle a également intégré Horus, un système antifraude pour les paiements électroniques. En 2013, l’entreprise est passée du paiement en ligne au commerce de détail physique, en lançant un lecteur de cartes portable et des terminaux de point de vente pour les entrepreneurs individuels, les microentreprises et les petits commerçants. Ses terminaux Moderninha l’ont placée en concurrence directe avec Cielo, le principal acquéreur du Brésil.

Moderninha a été mis à jour en 2014, suivi de Moderninha Pro et du modèle économique Minizinha en 2016. Sous la direction de Ricardo Dutra da Silva, anciennement chez Bain & Company, PagSeguro s’est orientée vers un écosystème financier plus large. Le 24 janvier 2018, PagSeguro Digital est entrée à la Bourse de New York sous le symbole PAGS, levant 2,3 milliards de dollars avec Goldman Sachs et Morgan Stanley comme principaux chefs de file. En 2019, elle a lancé PagBank et, en 2021, la marque grand public est passée de PagSeguro à PagBank.